Schon 1531 hatte Bernhard Rothmann in Münster durch seine Predigten den Ideen der Wiedertäufer den Boden bereitet. Als reformatorischer Prediger hatte er eine Predigerstelle an der Lambertikirche erhalten. Einen wesentlichen Bestandteil ihrer Lehre sahen die Wiedertäufer, die sich selbst nie so genannt haben, in der Erwachsenentaufe, die eine erneute Taufe der Gläubigen notwendig machte. 1534 kommt Jan van Leyden, ein Apostel des Täufers Jan Matthys, nach Münster und wird zum Begründer der münsterischen Täuferbewegung.

Mit der Übernahme der Macht in der Stadt beginnt die Konfiszierung und Zerstörung der Kunstwerke in den Kirchen, um alle Symbole des alten Glaubens zu vernichten. Die Einführung der Vielweiberei war einer der schändlichen Auswüchse der totalitären Herrschaft der Täufer. Auch die Aufhebung des Eigentums führte bei den Einwohnern zu Widerständen, die aber mit Gewalt unterdrückt wurden. Zum König des neuen Jerusalem ernannt, stellte Jan van Leyden Bernd Knipperdolling als Vollzugsbeamten der Justiz und Bernd Krechting als Sekretär an seine Seite. 1535 kam es durch die Belagerung der Stadt durch die fürstbischöflichen Truppen zu einer extremen Hungersnot. Am 25. Juni 1535 wurde die Stadt durch Verrat den bischöflichen Truppen geöffnet. Am 22. Januar 1536 wurden Jan van Leyden, Bernd Knipperdolling und Bernd Krechting zum Tode verurteilt. Sie wurden mit glühenden Zangen zu Tode gefoltert. Ihre Leichen wurden in Käfigen am Lambertikirchturm zur Abschreckung aufgehängt.